利用的是pyPdf库的PDF页面合并（叠加）功能（merging documents page by pag），即将原始PDF页面与水印PDF页面进行叠加。

直接上码：

# coding: utf-8
# pdf_watermark.py

import os
# http://pybrary.net/pyPdf/
from pyPdf import PdfFileWriter, PdfFileReader
# http://www.reportlab.com
from reportlab.pdfgen import canvas

def create_watermark(content):
    """创建PDF水印模板
    """
    # 使用reportlab来创建一个PDF文件来作为一个水印文件 
    c = canvas.Canvas('watermark.pdf') 
    c.setFont('Courier', 10) 

    # 设置水印文件
    c.saveState() 
    c.translate(300, 15) 
    # 水印文字
    c.drawCentredString(0, 0, content) 
    c.restoreState() 
    # 保存水印文件
    c.save()
    pdf_watermark = PdfFileReader(file('watermark.pdf', 'rb'))
    return pdf_watermark

def add_watermark(pdf_file, pdf_watermark, output_dir='output', max_page=5):
    """给指定PDF文件文件加上水印
    pdf_file - 要加水印的源PDF文件
    pdf_watermark - PDF水印模板
    max_page - 加水印的最大页数
    """
    pdf_output = PdfFileWriter()
    input_stream = file(pdf_file, 'rb')
    pdf_input = PdfFileReader(input_stream)
    
    # PDF文件被加密了
    if pdf_input.getIsEncrypted():
	print '该PDF文件被加密了.'
	# 尝试用空密码解密
	try:
	    pdf_input.decrypt('')
	except Exception, e:
	    print '尝试用空密码解密失败.'
	    return False
	else:
	    print '用空密码解密成功.'

    # 获取PDF文件的页数 
    pageNum = pdf_input.getNumPages() 
    # 给每一页打水印 
    for i in range(pageNum):
        page = pdf_input.getPage(i)
        if i < max_page:
            # 只给前max_page页加水印
            page.mergePage(pdf_watermark.getPage(0)) 
        pdf_output.addPage(page)

    # 最后输出文件 
    output_stream = file(os.path.join(output_dir, os.path.basename(pdf_file)), 'wb') 
    pdf_output.write(output_stream) 
    output_stream.close()
    input_stream.close()
    return True

if __name__ == '__main__':
    # 创建水印文件
    pdf_watermark = create_watermark('www.site-digger.com')
    add_watermark('HLMP_6405_J0011.pdf', pdf_watermark)

可以分享的经验是：

不少PDF文件被加密了，需要先解密才能加上水印，幸运的是好多密码直接是空的。

上述程序在处理一个PDF前会先判断其是否被加密了，如果是则尝试用空密码进行解密。

无图无真相：

这是原始的PDF

这是水印PDF

这是处理后（叠加）的效果